Το Πολιτιστικό Κέντρο Θεσσαλονίκης του Μορφωτικού Ιδρύματος Εθνικής Τραπέζης άρχισε να λειτουργεί τον Ιανουάριο του 1989, με την επωνυμία Πολιτιστικό Κέντρο Βορείου Ελλάδος της Εθνικής Τράπεζας. Με τη μορφή αυτή λειτούργησε μέχρι τον Φεβρουάριο του 1997.
Στο διάστημα αυτό, το Κέντρο έδωσε το δικό του διακριτό στίγμα στην πνευματική και καλλιτεχνική ζωή της Θεσσαλονίκης, παρουσιάζοντας εκθέσεις τέχνης (ζωγραφικής, χαρακτικής, φωτογραφίας, αρχιτεκτονικής), και εκθέσεις ιστορίας της πόλης και της ευρύτερης περιοχής. Παράλληλα, το Κέντρο συνεργάστηκε αρμονικά με άλλους πολιτιστικούς φορείς για την παρουσίαση εκθέσεων φιλολογικού, ιστορικού και εικαστικού περιεχομένου, διοργάνωσε εκδηλώσεις λόγου και μαθήματα ιστορικής τοπογραφίας και εξέδωσε καταλόγους ως συνοδευτικά έντυπα των ανωτέρω εκδηλώσεων.
Το 1997 η Εθνική Τράπεζα υπήγαγε τα πολιτιστικά της κέντρα στην Αθήνα, τη Θεσσαλονίκη και την Πάτρα στην αρμοδιότητα του Μορφωτικού Ιδρύματος Εθνικής Τραπέζης. Έκτοτε, το Πολιτιστικό Κέντρο αναπτύσσει τις δραστηριότητές του κυρίως με εκθέσεις στον τομέα των εικαστικών. Εκτός από την εκθεσιακή του λειτουργία, το Κέντρο περιλαμβάνει στο πρόγραμμά του εκδηλώσεις λόγου και προβολές. Από τον Φεβρουάριο του 2000 στο Κέντρο λειτουργεί βιβλιοπωλείο, ενημερωμένο με όλες τις εν κυκλοφορία εκδόσεις του Ιδρύματος, της Εθνικής Τράπεζας και του Ιστορικού της Αρχείου.
Στεγάζεται σε κτήριο των αρχών του 20ού αιώνα, που ονομάζεται Βίλα Καπαντζή, από το όνομα της πρώτης ιδιοκτήτριας οικογένειας. Το κτήριο αποτελεί ένα από τα ελάχιστα σωζόμενα αρχοντικά της παλιάς Θεσσαλονίκης, και έχει συνδεθεί κατά καιρούς με πρόσωπα και γεγονότα που σημάδεψαν την ιστορία της πόλης.
